降糖药的副作用通常是低血糖。不同的降糖药，低血糖的风险不一样。胰岛素的降糖风险较大，其次是磺脲类的降糖药和那格列奈、瑞格列奈等磺脲类和非磺脲类的降糖药物也有出现低血糖的风险。
单纯使用二甲双胍、阿卡波糖等降糖药，一般风险不会太大。现在新型的药物DPP-4抑制剂，西格列汀、阿格列汀等低血糖的风险较小。
降糖药物除了降低血糖，部分药物会使体重增加，还有些药物有特异性的反应如过敏反应。出现不适请及时就医，用药谨遵医嘱，以免出现不良反应。