甲状腺自身免疫疾病治疗可以对症治疗，进行甲状腺激素水平的测定后再选择不同的治疗。如出现甲状腺功能亢进，可以使用甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶进行治疗，甲状腺功能减退则需要使用左甲状腺激素进行激素替代治疗。
以上药物需在医生指导下进行使用，不可自行使用，以免产生不良反应，症状严重的患者，及时就医，以免延误治疗。