甲亢两年后可能会复发，主要根据患者有无甲状腺肿大，促甲状腺素受体抗体升高的情况，以及停药后是否有甲亢复发的病时，若患者口服抗甲亢药物治疗两年以上，患者存在甲状腺弥漫性的肿大，同时促甲状腺素受体明显升高，停药后确实有复发的风险。
临床上毒性弥漫性甲状腺肿引起的甲亢，若选择口服抗甲亢药物治疗，一般治疗疗程为一年半到两年的时间，停药以后有复发的风险，口服抗甲亢药物治疗的缺点存在着治疗时间长，停药后复发的风险，具体复发的风险，需要根据患者的病情确定。