肛门湿疹原因很多，最好先找出病因。根据致病的不同原因和局部改变，进行合理的整体治疗和对症处理，改善可诱发湿疹的工作环境、生活习惯、饮食嗜好，治疗可引起肛门湿疹的肛门疾病。
1、抗过敏对急性期、亚急性期皮疹较广泛并瘙痒剧烈者，可用葡萄糖酸钙、苯海拉明、西替利嗪、氯雷他定、阿司咪唑等进行治疗。对伴感染、发热、淋巴结肿大者，可酌情应用抗生素。无请在医生指导下使用，切勿自行用药
2、可选用糠馏油软膏、黑豆馏油软膏、煤焦油软膏、激素乳膏外搽，但应避免长期使用糖皮质激素。糜烂渗液者，可外涂炉甘石洗剂，硼酸溶液湿敷。
3、局部封闭慢性湿疹顽固性瘙痒者，可用罗哌卡因加亚甲蓝进行治疗。 在日常护理饮食要避免辛辣、刺激食物。尽量避免患部持续潮湿，尽可能保持患处局部干燥和通气，日常注意穿部分纯棉的质地柔软的内裤。