扁平疣和疱疹都是由于病毒感染导致的，但是他们感染的病毒不一样，扁平疣是由人类乳头瘤病毒感染，疱疹是由疱疹病毒感染。
治疗上也不一样，疱疹的治疗要口服抗疱疹的药，比如口服利巴韦林颗粒，抗病毒口服液，阿昔洛韦等。外用阿昔洛韦软膏进行涂擦疱疹处。
扁平疣一般不需要治疗，如果考虑到美观的话，也可以通过激光的方法来去除。药物必须在医院的医生指导建议下合理使用。