男性感染HPV早期多数没有症状或症状轻微，后期可由不同危险程度的HPV病毒感染而出现不同症状。
1、早期症状：男性感染HPV后早期可没有症状，或有异物感、灼痛、刺痒和性交不适等轻微症状，因为HPV感染患者具有潜伏期。
2、中后期症状：男性感染低危型HPV，可出现寻常疣、扁平疣、丝状疣等。男性感染高危型HPV，可出现尖锐湿疣，甚至是形成阴茎癌等恶性肿瘤，主要表现为呈乳头状、菜花状或颗粒状的丘疹，表面发生糜烂、渗液、破溃等，并可合并出血及其他病原体感染等并发症。 因男性HPV感染后症状多不明显，仅少数出现症状，故应做好预防措施，防止HPV感染或携带的HPV病毒传染他人。