导致阴茎上长小肉疙瘩的原因有很多，需要根据具体病情对症治疗，常见病因有以下几种：
1.小粉瘤。由于皮脂腺局部分泌旺盛导致，不疼不痒，不需要治疗。平时要注意勤换内裤。
2.小水疱。是生殖器疱疹的症状，需要涂抹阿昔洛韦乳膏，口服阿昔洛韦片抗病毒治疗还可用部分中药清热解毒。
3.毛囊炎。表面会有小疙瘩的红肿、疼痛不适症状，可以涂抹百多邦或红霉素软膏，尽量通风干燥。