萎缩性胃炎可能与幽门螺杆菌感染、长时间饮食不规律有关，可以在医生的指导下应用抗生素，根除幽门螺旋杆菌，如克拉霉素、阿莫西林、甲硝唑、替硝唑等药物进行治疗，建议在医生的指导下按疗程用药。
萎缩性胃炎患者，也可以应用中成药治疗，如摩罗丹、胃苏颗粒、气滞胃痛颗粒等药物。萎缩性胃炎患者应戒烟戒酒，避免使用损害胃粘膜的药物，饮食宜规律，避免食物过热、过咸、辛辣、生冷、不易消化的食物。