脱脂奶奶的缺点主要是价格比较高，其脂肪含量比较低，口感方面相对来说寡淡。而且其脂溶性维生素流失较多，因牛奶中的脂溶性维生素A、D、E、K脱脂过程中流失较多，从而会影响对钙制的吸收。
脱脂牛奶主要适用于高脂血症、肥胖、急性胰腺炎或需要控制脂肪摄入的患者。对于一般健康人群、体型消瘦者、处于生长发育期的儿童、青少年以及孕产妇等特殊人群不建议喝脱脂牛奶。