肛门疼痛的原因很多，具体如下：
1、肛裂：肛裂是大便干结导致肛周皮管裂伤，因为在齿状线以下，疼痛神经比较敏锐，所以容易引起疼痛。
2、痔疮：尤其是外痔，当外痔脱出时间比较长，痔核水肿形成血栓时疼痛特别明显。
3、肛周感染：如果肛门周围存在感染形成脓肿，也会引起疼痛，一般触摸波动感比较明显。建议患者及时就医检查，明确病因，对症治疗。