牛黄上清丸有清热泻火、散风止痛的功效。主要治疗火热之邪的症状，如头痛、眩晕、耳鸣、眼睛红、咽喉肿痛、口舌生疮、牙龈肿痛、大便秘结。
对口舌生疮、身体烦热、发烧、女性所见的妇科疾病，比如子宫肌瘤、乳腺增生也都有一定的效果。孕妇慎用。以上药物服用时，应在医生的指导下进行服用，不可自行服用，以免产生不良反应。