肛瘘通常不会自己恢复的。大部分肛瘘由细菌感染引起，多有直肠肛管周围脓肿，免疫力正常情况下不会发生感染，当劳累、抵抗力下降时，细菌可进入到肛门内外括约肌的间隙内引发感染，进一步扩散到肛门周围，形成肛门周围的脓肿。
要想达到临床治愈，需要由专科医生通过瘘管切开术、肛瘘切除术、挂线疗法等外科手术进行治疗。