阴茎短小应根据病因治疗，具体如下：
1、隐匿性阴茎：阴茎陷于体内，可进行阴茎延长加皮瓣转移手术使阴茎显露。
2、肥胖原因导致：耻骨间脂肪较厚，建议控制体重，脂肪减少后阴茎即可显露。
3、自身发育使阴茎过小：即阴茎海绵体发育较差，需检查垂体、肾上腺与睾丸、性腺轴有无异常，激素分泌是否正常，需检查染色体、SRY基因了解睾丸状态，治疗较麻烦。建议患者及时就医检查，明确具体病因，对症进行治疗。