脚指甲不长且骨头有点疼可能是由于真菌感染、甲沟炎、外伤等引起。
1、真菌感染：可能是由于真菌感染引起的。通常在出现这种情况时，患者一般需要及时到当地正规的皮肤科医院做相关的诊治，如果是真菌感染引起的，外用抗真菌的乳膏，比如联苯苄唑乳膏、硝酸舍他康唑乳膏等，用药谨遵医嘱。情况严重的还可以通过手术的方式来治疗。
2、甲沟炎：如果脚趾甲修剪的太短，嵌进了旁边的肉芽里，引起了甲沟炎，造成肉芽组织感染就会造成疼痛。可用碘伏消毒，碘伏对破损的皮肤无明显刺激性，每天可多消毒几次，可帮助预防感染，促进愈合。
3、外伤：有可能是外伤引起指甲变形压迫到了肌肉组织引发的疼痛，或可能是因为穿的鞋子不合身，挤压局部，或者是摩擦引起的疼痛。需要及时换宽松舒适的鞋子，在治疗期间，一定要做好局部的卫生护理工作。