手上的扁平疣可以选择在局部涂抹维a酸乳膏涂抹。也可以在专业医生指导下外用药物治疗，包括抗病毒的干扰素凝胶，咪喹莫特乳膏等，以及具有腐蚀性的冰醋酸，氟尿嘧啶乳膏外涂治疗，也具有一定的效果。
如果扁平疣比较小，数量也不多，可以采取物理疗法，比如局部的液氮冷冻，二氧化碳激光，电灼烧等方法加以去除。