光动力疗法治疗扁平疣，在照光过程中会有轻微的疼痛，灼热感，但都可以忍受。并且持续时间比较短，大约15-20分钟。
光动力治疗扁平疣是一种新技术，一般无须特殊处理，疼痛、灼热感明显者可做冷喷治疗缓解。首先将光敏剂，目前常用的是盐酸氨酮戊酸散涂抹在扁平疣表面。
静待两小时，待光敏剂渗透入病变组织内，再利用红光照射。使组织吸收的盐酸氨酮戊酸散受到激发，产生细胞毒性作用，进而导致病毒感染的细胞受损乃至死亡，所以会产生疼痛和灼热感，但是可以耐受。