脚气不能根治的原因，常见如下：
1、一些脚气病患者使用抑制真菌的药物治疗。当症状稍有改善时，他们会停止用药。事实上，真菌并没有完全杀死，一段时间后会卷土重来，导致复发。
2、真菌很难杀死。在零下6℃在左右环境中长期生存，120℃在高温下10分钟内不会死亡。脱离活体的头发、手指（脚趾）甲、头皮屑等，毒性可保持一年以上。
3、有些病人生病后不去普通医院皮肤科，买一些抗炎药，虽然可以暂时止痒，导致疾病改善的错觉，但没有抗真菌效果，细菌不能杀死，但会更加猖獗，干扰甚至阻止局部免疫反应。
4、部分患者治愈后，由于不注意，与其他脚气病患者共用拖鞋、盆、毛巾等物品，或在游泳池等特定场合接触真菌，可能会再次患脚气病，称为再感染。 建议遵医嘱给予抗真菌的药物治疗，比如酮康唑乳膏、特比萘芬乳膏、联苯苄唑乳膏等。勤洗鞋子袜子，并且多放在太阳底下晾晒，不与他人共用鞋袜，以免造成交叉感染，传染给他人。