藿香正气水常用于暑湿感冒、空调病、肠胃不适等疾病的治疗，但由于藿香正气水以酒精为萃取物，部分人在服用后，可能会出现皮疹、过敏性紫癜、过敏性休克等过敏性反应以及酒醉样反应，并且与头孢同服后还可能发生双硫仑样反应，对身体健康造成危害。
需要注意的是，高温中暑患者不宜服用藿香正气水，以免加重症状。建议在医生的指导下对症使用，并严格按照说明书进行服用。