由于咸鸭蛋里面含盐分较多，常吃咸鸭蛋会导致胃癌、肠癌的发生率增加。并且由于蛋黄中胆固醇含量高，常吃会导致胆固醇升高，容易出现高血压病、高胆固醇血症等，进而使心血管硬化导致冠心病、心梗的发生。
由于咸鸭蛋也含有丰富的营养物质，虽然不适合长期大量食用，但偶尔食用对身体也有一定的好处，有利于补充人体所需的蛋白质、磷脂等物质。