金匮肾气丸的服用疗程需要根据疾病的严重程度，还有病程的长短来决定，一般服用一个月为一个疗程。金匮肾气丸是治疗肾阳虚衰的症候，可治疗腰肌酸软、舌质淡、苔白、畏寒肢冷、精子活动力降低、性能力降低等。
肾阳虚衰的症状都是慢性病症，需要调理的时间较长，所以疗程也相对其它急性病症更长，大部分患者服用2-3周可见效，但通常一个月作为一个疗程，整个病情彻底得到缓解可能需要更长的时间。
金匮肾气丸一般没有明显的副作用，但是在药不对症或是长时间服用后，多会引起伤阴、上火和伤害脾胃的症状。必定要依据医师开的药量严格使用药物，每一个月都寻找医师进行药量的加减。