肠镜和胃镜相比，可能肠镜更难受。胃镜只需禁食8小时以上，操作简单，操作时间短，是在通过仔细的观察，并在规定的部位摄取照片或视频，并取活检，一般5-10分钟，仅有恶心，腹胀，紧张等不适的症状。
大肠镜要提前进行肠道准备，提前6小时清洁肠道，检查时清晰度和操作时间及不适症状，有无腹部手术，有无肠粘连，有无乙状结肠冗长症，有无解剖结构的变异及肠道疼痛，腹胀耐受程度等，操作时间一般都在10分钟以上，有腹痛，腹胀，恶心等不适症状。
如果确诊疾病，应该及时进行规范的治疗。