黄连素和肠炎宁这两种药物没有办法比较哪个好，因为黄连素属于西药主要治疗肠道感染，比如胃肠炎等，而肠炎宁是中药，是由多种中药材制成，主要是用于清热利湿以及治疗肠湿热所导致的泄泻。
而在这两种药物的选择上，需要根据症状以及病因来进行选择。建议患者在医生的指导下使用这两种药物，切不可自行盲目用药，以免出现不良反应。