两种药物的区别可以从药物的治疗用途上比较，具体如下： 健脾丸常用于小儿消化不良，还用于慢性胃炎、胃神经官能症、胃、十二指肠溃疡等。
健脾丸对肿瘤患者化疗后遗留消化系症状也有良好的治疗作用。香砂六君丸用于脾胃气虚、湿阻痰聚引起的胃脘痛、呕吐、消化不良、头晕肢乏、面色萎黄或大便塘泄等。
也可用于胃溃疡、十二指肠溃疡、慢性胃炎、慢性肝炎等症。如需用药谨遵医嘱。