妈咪爱和益生菌的区别是：益生菌是生物调节剂的全称，而妈咪爱只是其中一种益生菌种类，除了妈咪爱之外，益生菌还包含有许多其他种类。
妈咪爱是药物，它是用于治疗宝宝腹泻、消化不良等症状的，由于是药品级别的益生菌，因此不能长期使用，在症状改善之后应立即停止使用，如需要长时间服用，连续使用时间不建议超过3个月。
而益生菌中还包括了一些保健品级别的益生菌，可以用于调节宝宝的肠道菌群，改善肠道功能。建议在医生的指导下规范使用。