肛瘘手术后一般第5-7天最痛。肛门部位的肌肉和组织长得比较慢，做完肛瘘手术从开始到完全康复，至少需要1个月的时间，在5-7天的时候，创面开始长肉芽组织，开始脱痂、掉痂的时候，每次大便容易从创面上经过，容易出血及引起来疼痛，再加上肛门括约肌收缩，这种情况下最容易疼。
术后要注意保持大便通畅，保持创面的清洁，及时用盐水或者肛泰熏洗剂冲洗创面。