肛瘘手术后两年还是控制不住大便，有可能是肛门部位的括约肌受到了损伤导致的。在进行肛瘘手术的时候，可能会出现损伤到肛门部位的括约肌的情况，当括约肌受到损伤之后，就不能正常的收缩，因此病人不能控制大便。
可以去医院检查一下松弛的程度，情况严重时需要做修补术。建议日常可以适当的进行提肛的动作，来增加肌肉力量的加强和恢复。