他克莫司软膏属于免疫抑制剂类药物，副作用常见皮肤局部的烧灼感和瘙痒感，表现为在涂药的局部会出现刺激性的红斑、色素沉着等。
还可能引起全身性的副作用，如头痛，流感样症状，肌痛，背痛、感染增加等。肝肾功能不全、糖尿病、高钾血症、心室肥大、有神经性毒性表现者慎用。
由于用药具有专业性，他克莫司软膏的服用需在医生的指导下进行，不可私自乱用药物，以免出现不良反应。