患有咽炎去医院做分泌物核酸检查，是不会误诊为新冠的。新冠核酸检测是依据新冠病毒的特异性基因序列制成的检测试剂，此种试剂盒一般仅可以与相应的新冠病毒发生反应。
引起喉咙炎症的主要原因通常与流感病毒、链球菌、葡萄球菌，以及外界粉尘刺激等因素相关，上述物质通常不会引起新冠的核酸试剂发生反应，所以做新冠的核酸检测时不会导致误诊。
建议就医期间做好个人防护，戴口罩。日常要勤洗手、勤通风，养成良好的卫生习惯。