百多邦莫匹罗星软膏是有副作用的，现在市面上的药物大都有副作用。百多邦莫匹罗星软膏对于皮肤较为敏感的人可能会使其出现瘙痒、皮疹、红肿等症状，还有一些人会因为皮肤吸收使其进入血液而导致结肠炎、腹泻、发热等症状，更是有较少的人会出现强烈的过敏反应而出现虚脱，甚至是丧失意识的请款。
因此在使用前一定要找医生进行确认，在明确了解自己是否适合使用该药物再选择。