儿童晚上睡觉磨牙有可能是肠道存在寄生虫，因为寄生虫在小肠内会掠夺营养物质，刺激肠壁，引起消化不良。也有可能是缺乏维生素d、精神过于紧张、晚餐吃得过饱或者是临睡之前加餐，可能会影响营养素吸收，还会增加胃肠道负担。
如果牙齿排列不齐或者是咀嚼肌过大，长期使用一侧咀嚼牙齿咬合关系不好都会导致睡觉磨牙。