儿童扁桃体切除后会影响免疫力，从而引起全身性疾病，是由于扁桃体属于人体的重要免疫器官，可以帮助机体抵抗细菌入侵，过早接触会使身体的免疫器官受到损伤。
但是患者如果扁桃体经常发炎而影响呼吸以及睡眠等情况时，会使儿童造成慢性缺氧情况，可以通过手术的方式使其症状得到改善。
在手术后需要给予全面均衡营养支持，使机体抗病力有所提高。