临床上十二指肠溃疡症状多数为中上腹疼痛，或者脐上偏右侧疼痛，具有规律性，疼痛性质为灼痛、胀痛、绞痛，疼痛通常在两餐之间，通常称之为空腹痛，进餐后或者服用抑酸药可缓解。
十二指肠溃疡后壁溃疡穿孔可引起后背部疼痛，有少数患者首发症状为出血、穿孔，十二指肠溃疡可引起夜间疼痛，可以伴有反酸、烧心、呃逆等非特异性症状，发作具有节律性和周期性，多发作于春秋季。