注射用美罗培南副作用可能会出现过敏反应如会出现皮肤发红或是发热，有些也会出现红斑以及瘙痒等症状，另外药物对于血液系统也可能会存在一定的影响，在使用之后可能会出现血小板减少或者是粒细胞减少，但也有些可能会出现增多。
有些人群在使用药物之后也可能会对神经系统造成一定的损伤或者是使用药物之后出现头痛以及倦怠感，还人在使用之后可能会对肝功能造成影响。