肛周脓肿做为肛肠疾病，在治疗上要消炎止痛，肛周脓肿的症状一般都是比较明显的，肛门脓肿一旦形成，应立即早期切开，减低局部张力，以阻断其扩散和向四周的蔓延。
在肛周脓肿清创时，应该要切除病变的肛隐窝，尽可能寻找内口所在，不论何种肛周脓肿，均应予以一次性治疗，不留肛瘘等疾病，对于不同类型肛周脓肿，宜选择不同切口，以保证肛周脓肿手术的成功。