脚底莫名疼痛的原因如下：
1.畸形：足骨发育畸形，跖骨向内侧偏斜，损伤了跖骨头横韧带。
2.骨刺：骨足底面所附着的肌肉、韧带随力量不均衡，引起的骨科疾病。
3.神经：神经进入掌部管道，由于受到压迫，就产生症状。
4.发炎：多数脚后跟疼痛，是由韧带发炎引起的。
5.鞋子：鞋内的构造不能有效地支撑足弓，会使韧带更容易发炎。
6.体重：身体发胖，体重突然增加，后跟疼痛是有一定关系。
7.损伤：长期过度牵伸而造成慢性损伤，也会引起足底板痛。