褪黑素的副作用是会出现白天嗜睡的症状，随着年龄的增长，特别是35岁以后，体内自身分泌的褪黑素明显下降，平均每10年降低10-15%，导致睡眠紊乱以及一系列功能失调，而褪黑素水平降低、睡眠减少是人类脑衰老的重要标志之一。
褪黑素的分泌是有昼夜节律的，一般在凌晨2-3点达到高峰。夜间褪黑素水平的高低直接影响到睡眠的质量。