头孢克肟是第三代头孢菌素，头孢拉定是第一代头孢菌素。这两者的区别主要是抗菌谱不同，副作用也有所不同。第一代头孢菌素头孢拉定主要覆盖革兰氏阳性球菌，像肺炎链球菌、葡萄球菌。
第三代头孢菌素头孢克肟可以覆盖革兰氏阳性球菌和革兰氏阴性杆菌，其中对革兰氏阴性杆菌的作用更强。如果考虑下呼吸道感染，腹腔感染可以选择头孢克肟。
而且它的肾毒性较一代头孢明显的减轻。