肛瘘会引起疼痛。肛瘘在急性发作期间建议到医院就诊，急性期可遵医嘱使用抗生素，局部使用消炎、止痛的药物缓解症状，并择期进行手术治疗。
手术治疗的原则是切开或切除瘘管，促使创面愈合，比如瘘管切开术适用于单纯性低位肛瘘；挂线疗法适用于高位单纯性或复杂性肛瘘。
肛瘘在引流通畅时，一般无明显疼痛感，可触摸到条索样物，有部分患者有轻微发胀不适。如果肛瘘的瘘管出现堵塞、引流不畅，分泌物聚集在内口，会发炎合并感染，可引起局部胀痛、红肿，伴随排脓、排液、发热等全身症状。
建议患者根据自身的病情和身体状态，听从专业医生的意见进行规范的诊治。