肠胃炎需要根据不同的病因进行治疗。如果是细菌性腹泻，不仅需要服用止泻药物调理肠道菌群的药物，还要加以抗生素类药物。
如果是病毒性腹泻，可以通过止泻药物和调理肠道菌群的药物进行治疗。如果是消化不良引起的腹泻，建议可以通过限制饮食，补液，让胃肠道充分休息，服用地衣芽孢杆菌等益生菌或加用中药制剂得以缓解。
上述药物治疗均需在专科医生指导下使用药物，对药物过敏者禁用。