防止肛周脓肿复发的措施有：患者要注意个人卫生，保持肛门清洁，便后温水洗浴，防止感染。还有软化大便，防止便秘和腹泻交替，因为便秘时干结的粪便会损伤肛窦，细菌进入损伤的肛窦会导致感染，腹泻时稀便进入肛窦同样会引起感染。
还有及时治疗肛周疾病，如肛裂。如果是发生肛门损伤，应及时治疗，以免延误治疗感染蔓延。最后是发现有肛门有不适症状，如发现大便有血或者黏液及时就医，早发现，早治疗。