指甲凹凸不平的原因有：可能是缺铁性贫血，可使用阿胶补血颗粒。也可能是微量元素缺乏导致的，如铁、钙、锌的缺乏，可以补充铁剂治疗，如口服硫酸亚铁。
也可能是患有银屑病导致的，可选用甲氨蝶呤、维A酸类、糖皮质激素、抗生素等药物进行治疗。对上述药品或及其成分过敏者禁用，还需在专科医生指导下使用药物。