做肠镜检查不会对身体造成较大危害。但有部分患者行肠镜检查后可能出现肠胀气、出血等，而且由于大部分会使用麻醉凝胶，所以疼痛也是非常轻的，有的时候肠镜对肠上皮细胞有一定的损伤，但是也是很轻微，检查后过几天就可自行恢复。
因为现在大部分都是用的纤维肠镜，很细，不会损伤到肠黏膜，建议患者如有不适，及时去医院检查，在医生指导下进行治疗。