小儿疱疹性咽峡炎可以选择中药制剂包括抗病毒口服液、双黄连口服液等。如果疱疹性咽峡炎继发细菌感染，可以加用西药的抗生素或者是中药制剂，具有消炎作用的药物，比如阿莫西林、头孢克肟或者蒲地蓝消炎片等。
对于小儿疱疹性咽峡炎，平时一定要注意口腔卫生，可以用淡盐水或者是复方氯己定、康复新液漱口有助于炎症的治疗。有头孢类过敏史的患者不宜使用、用药期间不可饮酒，建议在专科医生的指导下使用药物。