法莫替丁的副作用是，会引发过敏反应，便秘，泻肚，两边的脸泛起红色，皮疹，睡不好，头疼，舌燥，偶尔有白细胞减少，轻度转氨酶增高。
对肝肾功能产生影响，导致转氨酶一过性升高，肌酐尿素氮水平的升高。会对血液系统产生一定影响，导致白细胞减少，红细胞减少，血小板减少情况。
胃肠道反应，会引起腹胀、纳差、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。药物需在医师指导下使用，对成分过敏者、严重肾功能不全者、孕妇及哺乳期妇女禁用。