肚脐眼上方3-5厘米疼痛的原因如下：
1.胆囊方面的疾病。例如胆囊炎，胆囊结石，可引起肚脐眼右上方疼痛，可放射到右肩。
2.小肠病变。例如出血性肠炎，由于炎症的刺激会引起肚脐眼疼痛，伴有排便异常，发生肠套叠。做腹部立位平片检查就可以确诊。
3.胃部方面的疾病。比如胃溃疡、急性胃扩张、糜烂性胃炎、胃息肉会引起肚脐眼上方出现疼痛。做电子胃镜检查就可以明确诊断。 可以通过热敷、吗丁啉、奥美拉唑、香砂养胃丸缓解疼痛。建议及时去医院检查，明确病因，在医生的指导下进行治疗，用药谨遵医嘱。