喉咙长水泡是病毒感染引起的，建议患者到医院检查抗病毒治疗，饮食要尽量清淡，或是慢性咽炎引起的，可以口服药物治疗，如口服金嗓利咽丸，或者是使用清热散结胶囊治疗，如对以上药物过敏者禁用。
也可能是慢性咽喉炎引起的咽后壁滤泡增生，可以用消炎利咽的药物，如阿莫西林胶囊、罗红霉素片、阿奇霉素分散片等，孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下使用。