灵芝孢子粉是有副作用的，会出现轻微不适反应，如便秘、心胸烦乱、精神亢奋等症状。需要注意的是由于灵芝孢子粉有一定的活血作用，所以月经期不要服用，否则会引起月经量多。
此外孕妇也不要服用，可能会引起流产的情况。请在专科医生指导下使用药物，对本品或及其成分过敏者禁用。如出现其他异常情况，应及时就医。