巧克力囊肿的治疗方法有，如果巧克力囊肿比较大，超过5厘米，而且痛经严重，要给予手术处理。如果巧克力囊肿比较小，可以进行药物治疗，选择短效避孕药，可以抑制排卵，缓解痛经。
建议去医院及时检查，在专科医生指导下进行治疗，治疗期间应忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻等食物。出现了免疫系统功能的衰退。
不良的生活习惯，多次经期性生活等。多次反复流产对身体造成伤害。