抗原检测的作用可以诊断出患者是否被该病原体感染，如支原体感染后，诊断血清时，支原体抗原会出现阳性结果。人体血液中的红细胞也属于一种抗原，因此通过抗原抗体凝集反应，进行抗原检测，可以明确个体的血型类型。
当机体存在肿瘤时，通过检测肿瘤的特异性抗原，可以辅助诊断肿瘤，如肝癌可通过AFP进行辅助诊断。