小便时尿道刺痛是由于泌尿系统炎症导致。泌尿系统炎症包括尿道炎、膀胱炎、男性前列腺炎，炎症大多是通过与支原体、衣原体感染的患者进行性接触导致。
建议患者到医院做相关的实验室检查、影像学检查，患者在排便的时候也会感觉到尿道、膀胱、会阴部刺痛，而且还会出现尿频、尿急、血尿等症状。
建议注意个人卫生，每天要用温水对尿道进行清洗。患者如有不适，及时去医院检查，在医生指导下进行治疗。